Actualité : La méthode CRAC sous les projecteurs

CRAC

Mercredi 1er Mai 2013

La méthode CRAC sous les projecteurs

Développée par l'équipe MAB du LIRMM, la méthode CRAC permet l'analyse bioinformatique des données de séquençage à haut débit, très utilisées en biologie, écologie et médecine.

L'article à ce sujet, paru dans Genome Biology le 28 March 2013, a été vu 6456 fois depuis et a été mis en avant le 1er mai 2013 sur le site de la revue scientifique Nature : http://www.nature.com/nature/journal/v497/n7447/full/497009e.html

Article :

Reading tangled RNA sequences

Nature 497,9 (02 May 2013) doi:10.1038/497009e

RNA transcripts can be sequenced from biological samples, but making sense of those that fail to map exactly to a reference genome is tough. Eric Rivals at the University of Montpellier, France, and his team have written a program called CRAC that can identify tricky transcripts as experimental errors, chromosome rearrangements, small mutations or modifications to messenger RNA. The software simultaneously matches discrete portions of sequenced RNA to locations in the genome and counts up how often unique portions are sequenced — a strategy that combines several computational steps. Although CRAC requires more memory than some similar software, it is more sensitive and precise than other tools for classifying RNA transcripts, the authors say.

Genome Biol. 14, R30 (2013)